Автомобиль комплектуется одним из трех видов трансмиссии: с 5-ступенчатой механической коробкой передач, с 4-ступенчатой автоматической коробкой передач (АКП) или ступенчатым вариатором CVT. МКП могут устанавливаться в с любым двигателем из предлагаемого ряда, CVT — за исключением мотора объемом 1,5 л, для которого предусмотрена АКП.
  В режиме движения по гористой местности происходит автоматический выбор передач в зависимости от угла подъема или спуска, обеспечивая движения автомобиля с постоянной скоростью. Функция особенно полезна при буксировке прицепа.
 Многие автомобилисты остаются приверженцами классической схемы управления трансмиссией. И они наверняка получат удовольствие от взаимодействия с «механикой» нового Lancer. Отличная синхронизация и точная настройка обеспечивают четкое переключение передач, почти не требуя физических усилий.
4-ступенчатая электронно-управляемая АКП с фирменной системой управления INVECS II обеспечивает мягкое переключение передач и максимально комфортную езду. Текущее положение селектора выбо¬ра передач высвечивается на информационном дисплее в комбинации приборов. Силовой агрегат в составе АКП и двигателя объемом 1,5 л разгоняет машину до 100 км/ч за 14,3 секунд, обеспечивая максимальную скорость в 178 км/ч.
АКП Mitsubishi Lancer наделена способностью «обучаться», выбирая оптимальный режим работы двигателя в любых дорожных условиях в зависимости от индивидуальной манеры езды водителя. «Запомнив» его стиль езды при движении по городу, по загородной автомагистрали, проселочной дороге, на спуске и подъеме, АКП как бы предвосхищает действия водителя. Это делает управление автомобилем еще более понятным и комфортным.
АКП Lancer неплохо адаптирована к российским климатическим условиям. Пока АКП не прогрелась до рабочей температуры, в определенных условиях, например при движении на спуск, переключение на более низкие передачи невозможно. В этом случае водитель может использовать торможение двигателем, включив 3, 2 или самую низкую (положение L селектора) передачи вручную.
Если во время движения автомобиля на информационном дисплее в комбинации приборов высветилась надпись SLOW DOWN с соответствующим сигнализатором, это означает, что рабочая жидкость АКП перегрета. Необходимо прекратить движение и, не выключая двигатель, открыть капот, чтобы коробка передач охладилась. Продолжить движение можно только после того, как надпись SLOW DOWN исчезнет с дисплея. Если сообщение не исчезает или выводится слишком часто, следует обратиться в авторизованный технический центр Mitsubishi.
Предупреждающее сообщение SERVISE REQUIERE на многофункциональном дисплее комбинации приборов говорит о неисправности АКП, в результате чего срабатывает защитное устройство. В этом случае также необходимо обратиться к специалистам авторизованного сервисного центра Mitsubishi.
 АКП при резком нажатии до упора педали «газа», что необходимо например, при совершении обгона, автоматически включит понижение оборотов.
 Крутящий момент в бесступенчатом вариаторе CVT передается наборной металлической лентой/ В отличие от традиционной автоматической коробки передач, CVT лишен толчков при переключениях и запаздываний. Кроме того, благодаря своей конструкции он автоматически «выбирает» наиболее оптимальный режим работы двигателя с учетом дорожных условий и индивидуальной манеры езды водителя, так как передаточное число по мере разгона или замедления автомобиля изменяется не ступенчато, а непрерывно.
При этом CVT предусматривает возможность и ручного изменения крутящего момента, задавая одно из шести значений, которые аналогичны определенным ступеням в АКП. Перейти на ручное управление можно как на стоянке, так и во время движения. Для быстрого выбора передач используется рычаг селектора либо подрулевые переключатели. В отличие от механической коробки передач ручной выбор передач в CVT возможен при нажатой педали «газа».
Допускается выбор только шести «передач» для движения вперед. Для включения заднего хода или постановки автомобиля на стоянку необходимо остановиться и перевести рычаг селектора соответственно в положение R или Р.
Информирование о неполадках в работе CVT осуществляется с помощью сигнализатора в комбинации приборов так же, как в случае с обычной АКП.